《qPCR檢測的私隱問題》
PCR是複製DNA的方法，過程需要稱為「引物」(primer)的物質。簡單說，引物是一個引子，包含了指定序列，你可以當是Microsoft Word裡的Find功能，一般是有一對，簡稱F和R，分別代表從何開始，從何結束。PCR，就是由起始引子相應的序列，複製到結束引子相應的序列。打個比方，起始引子是「我們在天上的父」，結束引子是「直到永遠，阿門。」，PCR就會把整段《主禱文》複製出來。
檢測武漢病毒的qPCR，一般進行兩到三組，各有一對primer，分別對應武漢病毒的不同基因。理論上，如果這Find功能找到了武漢病毒的基因，就會將其複製倍化，過程發出螢光訊號。觀察螢光，就可以估計有否倍化。而為了確保樣本有人類基因以及PCR過程順利，以減低假陰性機會，最理想是同時用對應人類基因的primer，因為理論上如果樣本沒問題，一定會有人類基因。（這又稱作內部對照組/internal control)
實驗設計上，這是非常合理的。然而從私隱層面上，政府或公司有權倍化人類的基因嗎？本來的primer設計，是從你的電腦文件中複製《主禱文》，但只要將primer換成「全澳門最大」和「上線啦」，就可以複製出《賭場廣告》，便知道你有沒有看AV了。誰授權政府，可以用這primer，不可以用那primer呢？
用特定primer組合來找出器官匹配度相關資訊，這種隨便想都能想到的方法，當然有人做了，而且廿幾年前已經做了。這說明單單用檢測武漢病毒同樣的檢測平台，足以找出你各樣基因資訊。
當然，現在有更多更先進的方法，不用靠PCR。我們系統性地交出人類樣本，中間有什麼人處理，拿來做過什麼實驗，更無人知曉。
然而，政府並無公開他們用什麼primer組合，什麼實驗設計，什麼準則判定陽性，更遑論樣本的處理過程（之前就發生了公司交叉感染樣本的情況。）。另邊廂，我們也從不討論這技術必然會引伸的私隱問題。
很多本業就是做人類基因定序的公司，得了這麼大量的人類樣本，難道不會偷偷看一眼？難道陳冠希叫你幫他修電腦，你不會看一眼？
（用PCR找出你器官匹配度的方法：
https://link.springer.com/protocol/10.1007%2F978-1-62703-493-7_8）
primer引子 在 [討論] 連猴子也懂得PCR原理(?) - 看板nCoV2019 的推薦與評價
看到版上有不少人在問,想想也該發篇大家都懂通俗點的科普文章比較好
PCR簡單來說就是個複製 DNA的技術
假如DNA序列是本超厚的教科書(模板),而考試內容是考這本書的內容
你想要把要考的重點抄下來 (DNA聚合酶)
但你他媽的根本不知道要抄三小,沒人跟你說要從哪開始抄
所以需要一個導引,告訴你從哪開始
這個導引就是引子 (Primer),它告訴你從哪開始抄
知道後,你就拿著原子筆開始抄下來,而墨水就是核苷酸 (ATCG)
那一個複製DNA的技術怎麼用來檢驗呢?
假如今天你要抄寫朱自清的背影(檢驗目標,像是某種病毒)
你的引子可能是開頭
"我與父親不相見已二年餘了，我最不能忘記的是他的背影"
所以理論上你是要抄下有這段話的文章
但今天你拿到的書(檢體)是"連猴子都懂得神經解剖學"
你拿了這段引子對照了整本書,你他媽的還是不知道要抄啥
所以沒抄寫出東西(沒擴增),所以你知道這本書沒有你要的東西
大GUY4醬
不過這是複製 DNA,如果是要檢測 RNA,像是這次 SARS-Cov 2是RNA病毒
就必須要先逆轉錄 (Reverse transcription, RT)
把 RNA轉成 cDNA,你的 DNA聚合酶才懂
當然也是有能直接擴增 RNA的檢測技術像是 NASBA, TMA
不過就不說惹
有想問的我再補充
推文問到怎麼知道有沒有擴增,這邊就講一下 Real-time PCR
原理跟PCR一樣,不過多了點東西
以常用的 TaqMan probe為例,這是一種探針
探針跟引子很像,是一小段序列 (寡核苷酸),可以互補結合在 Primer之間的模板序列
不過這個探針兩端各加了兩種東西
(1) 螢光基團 (Fluorophore)
(2) 淬滅基團 (Quencher)
一開始時, Quencher會藉由 FRET(一種能量轉移形式)
抑制 Fluorophore發出螢光
但當 DNA聚合酶在複製延長時
會藉由 5'-3' Exonuclease活性,把擋在路中間的探針給分解掉
當分解掉後, Fluorophore和 Quencher之間的距離拉大分開了
此時就能順利激發出螢光,並能被偵測到
就能知道有擴增出東西來
(https://en.wikipedia.org/wiki/TaqMan)
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※ 編輯: Reflection11 (61.230.160.66 臺灣), 02/18/2020 00:56:55
就是 Probe的 Fluorophore及 Quencher
※ 編輯: Reflection11 (61.230.160.66 臺灣), 02/18/2020 00:59:57
※ 編輯: Reflection11 (61.230.160.66 臺灣), 02/18/2020 01:24:42
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