學術界翻牆的重要性不言而喻
今天林口長庚檢驗醫學部的晨會針對武漢肺炎討論許久，相對於2003年時面對SARS的工具非常有限，如今的技術進步許多，一個多月能取得病原菌的基因定序，五天內取得完整的病毒株品系分析和具特異性的RT-PCR引子設計序列，預計幾天內林長科內也能在疾病管制局的分配下取得分子檢驗相關的試劑。
這次對於武漢肺炎背後致病病毒辨識速度很快，來自於參與的科學家及研究人員很願意分享，基本上這次病毒的序列探索和檢測工具是一系列在社交軟體上串連的合作，非常不可思議!
一開始是由上海復旦大學張永振教授和澳洲西尼大學的Edward Holmes教授在Twitter上貼出其上傳序列的網址，底下開始討論起這隻病毒的核酸序列，緊接者Open Science Prize獎得主Nextstrain的團隊分享其針對這隻病毒序列的親緣分析，看出其跟SARS病毒株都在beta-cov lineage上，但不相同，緊接者德國柏林病毒學家Victor Max Corman發表其針對這序列所設計的RT-PCR引子，不久就被WHO納入作為實驗室檢驗這支新型冠狀病毒的指引，這風氣其實就是生物資訊領域們的同好因擁抱開放所能享有的價值，在這次的病毒爆發事件中扮演重要的角色!
雖然手上的檢驗工具因科技進步很快取得，但良好的防疫策略和病毒特性也相當重要，相信接下來的過年的人口大遷移將是會一個挑戰!
其實每年這個時候都是感冒流行期，而俗稱的感冒(Common cold)，通常會有上呼吸道的癥狀包括流鼻涕(Rhinorrhea)、鼻塞(Nasal obstruction)，伴隨者喉嚨痛(Sore throat)、打噴嚏(Sneezing)和咳嗽(Cough)，這算是人類最常見的疾病，而大概2/3到3/4都是因病毒感染造成的，絕大多數感冒都是不致命的，就是具有自限性，但在免疫力低下的族群則會有比較嚴重的影響，所以如何控制住病毒的傳播就變成防疫重要的要點。
這群病毒的種類其實非常多，而這次武漢肺炎的病毒則是屬於冠狀病毒，此類病毒在2003 SARS風暴以前是沒什麼關注的，仔細來說，冠狀病毒Coronavirus由所謂的血清學分類成alpha, beta, gamma, delta，會感染人類的則以beta和alpha為主。其為一種RNA病毒且具有套膜，基因序列大小在27 - 32 kb之間，最常見的是229E、OC43、NL63、HKU1這四株病毒。這次武漢肺炎背後的病毒已經被WHO命名為2019-nCoV(2019新型冠狀病毒)。
補充:武漢肺炎已經被疾病管制局列為第五類法定傳染病，並且叫嚴重特殊傳染性肺炎，基本上，疾病管制局有公布相關採檢檢驗的規範，指定之實驗室外是不能做病毒培養的!
所以千萬別在懷疑的病人就給他開立Viral culture，一定要跟院內檢驗科室確認清楚!
## 最新資訊請關注疾病管制局的消息，別輕信社交軟件的"
聽說"，否則易引起不必要的恐慌!
https://www.cdc.gov.tw/Cate…/NewsPage/EmXemht4IT-IRAPrAnyG9A
#labmed
http://virological.org/t/novel-2019-coronavirus-genome/319
https://www.cdc.gov.tw/Category/List/AuFztf_j5e4MaYz-sjteNQ
https://nextstrain.org/groups/blab/sars-like-cov
更新 2020/01/21:Nextstrain網站上已有針對2019新型冠狀病毒的品系追蹤 https://nextstrain.org/ncov#pathogens
pcr引子設計 在 閱讀文章- 看板Biotech 的推薦與評價
標題: [求救] QPCR primer設計及PCR檢測
時間: Thu Jan 29 12:19:48 2015
事情是這樣的
把之前學長設計的 QPCR primer 拿去跑 PCR (以cDNA作為模板)
結果發現有些 primer 的夾出的基因片段很模糊, 有 dimer 或是夾不出來目標片段
老師希望我重新設計引子對,而學長當初是以老師給他的序列 (200-500bp)(早期片段,來源
不明) 來設計引子
因為之後可能會進行 RNAi 的實驗, 所以可能需要更長的片段
所以我就拿之前老師給學長的序列拿去 NCBI 做 Blastn
對應到的第一名的序列 Query cover, identity 趴數都很高, 而 E-value 也都很趨近於
0,物種相同,片段長度都有 1000bp 以上
將這些序列送至 Primer Expression 軟體進行引子設計(Tm值設定為 58-60度C, primer
長度為 9-40bp,GC content為 30-80%...etc)
跑出來的 primer 有五十名, 但因為前面名次的 primer 會有hairpin, dimer 或
cross dimer, 所以我會往下挑選
可是最後跑出的卻夾到許多非目標的大片斷或不明顯
下圖為 PCR 膠圖結果
第一個 well 是 housekeeping gene 做對照的
其他的為我設計的基因 primer, 一個基因 load 兩個well
第一行字為基因名稱, 第二個為 annealing 溫度, 最底下那排為預期長度片段
跑出來好糟糕QQ
還是真的是我太雖 挑到的primer都很差...
懇請版上大大指教與挑錯plz
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.112.4.189
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1422505191.A.72E.html
※ 編輯: zodiac123 (140.112.4.189), 01/29/2015 12:20:36
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