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【#TTV健康資訊】桃勤女基因定序出爐 羅一鈞：接近中東、西亞個案
#w編：還需要再比對！
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中央流行疫情指揮中心今天（18日）表示，確診Delta的桃勤女清潔員，基因定序已經出爐，但與先前屏東、桃園、新北幼兒園的三大Delta基因序列不相同，排除是先前本土群聚個案的延續，經過相關比對，懷疑是她清消過來往中東西亞的班機，當中載有類似定序的境外移入確診個案，不過還需要做進一步比對，預計後天（20日）報告比對結果。
#Delta變種病毒 #基因序列 #桃勤清潔員
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＃今日疫情重點【桃機清潔人員確診Delta，感染源仍待追查；3百萬人莫德納第二劑接種期限將至，指揮中心：疫苗到貨日尚難確認；台大醫開始進行莫德納混打高端臨床試驗，盼解決疫苗不足問題】
台灣今（15）日新增5例COVID-19（又稱新冠肺炎、武漢肺炎）個案，其中1例本土、4例境外移入。本土個案為一名20多歲女性，為桃園國際機場清潔消毒人員，9月12日出現症狀，14日因工作需求採檢確診，現已匡列45名接觸者。指揮中心醫療應變組副組長、疾病管制署副署長羅一鈞表示，經過快速的病毒變異位點確認，此案為Delta病毒株。
9月中旬後，莫德納第二劑接種期將進入高峰，國內超過300萬人等待接種莫德納苗，但指揮中心無法確認莫德納疫苗到貨日期。台大醫則開始進行莫德納混打高端的臨床試驗，昨（14日）通過人體試驗倫理委員會（IRB），將採隨機雙盲，每一組110人進行試驗。因此傳出將莫德納開放混打高端的訊息，對此指揮中心指揮官、衛福部部長陳時中則表示，莫德納混打高端試驗進行，最後還是得看結果，再由專家討論是否可以施打、如何接種。
新北市幼兒園群聚至今已出現32人確診，上週9日起為期一週，新北市緊急實施強化二級緊戒，禁止餐廳內用與運動、藝文公共場館暫停開放，今日是最後一天。新北市長侯友宜今則宣布解禁，他表示，經擴大匡列後，疫情趨向穩定，目前沒有再新增相關確診案例，16日起將恢復新北市餐飲場所內用，但他呼籲防疫不能疏忽，一定要嚴格落實防疫規定。
■新增一例機場清消人員確診，感染源不明
這一名20多歲確診者工作場所在桃園機場，負責機艙清潔，9月12日出現流鼻涕、頭暈等症狀，14日因例行採檢確診，Ct值僅14（數字愈低、病毒量愈高）。羅一鈞說，該案9月7日才驗過快篩為陰性，因此9月8日起視為可傳染期進行匡列。個案在6月初打過一劑疫苗，還未完成兩劑接種。
羅一鈞說，透過病毒株的突變位點進行定序，快速確定此案為Delta病毒株，目前全台有36例Delta病毒株本土個案。接下來指揮中心會就她工作接觸的相關航班確診者進行比對，透過定序結果，了解與境外移入病例是否有異同。
■莫德納二劑打不到？莊人祥：未來所有到貨莫德納疫苗都分配給二劑民眾
全台第一劑打莫德納疫苗共有343萬人，而第二劑僅打了35萬人，因此約有308萬名民眾等待施打第二劑，由於在9月底陸續達到12週的第二劑接種期限，莫德納第二劑的需求將會大增，不過國內莫德納疫苗庫存不多，無法滿足第二劑莫德納疫苗的需求，目前僅開放1～3類人員接種第二劑。對此指揮中心發言人、疾病管制署副署長莊人祥接受《報導者》採訪時沒有透露現有莫德納疫苗剩餘確切數量，但表示絕對不足以一輪疫苗開打量。
指揮中心曾在7月中提過莫德納會保留給二劑接種，但後來仍以第一劑覆蓋率為主。莊人祥說明，疫苗的到貨十分不穩定，很難清楚評估每一批疫苗的分配。目前仍以第一劑覆蓋率為主，而AZ第一劑各年齡層已經都可接種、BNT也開始接種，原先只願意接種莫德納的民眾，現也有BNT可以作為選擇，因此未來所有到貨的莫德納，將不再開放第一劑接種，全數提供給二劑民眾施打。
不過，莫德納疫苗到貨的確切時間，目前仍不確定。而目前已經屆滿10～12週、第一劑接種莫德納的民眾，需等待疫苗預約平台的簡訊通知、或地方政府告知，才能預約第二劑。
■台大啟動莫德納、高端混打研究
昨日人體試驗倫理委員會（IRB）通過莫德納混打高端疫苗的臨床試驗計劃，台大醫院將執行試驗，採隨機雙盲，每一組110人，受試者與臨床試驗團隊都不會知道打到哪一種疫苗，且要一個月才會解盲，意即參加試驗的民眾，要一個月後，才會註記在黃卡上。
試驗負責人、台大感染科主治醫師謝思民接受《報導者》採訪先強調，一個臨床試驗的誕生，可能是政府委託、藥廠委託，或是研究者自己發起。他表示，「這個試驗是我自己發起的，因為看到國內需求，有些人擔心副作用不敢打第二劑，有些人等不到第二劑，因此決定啟動這個試驗。」
謝思民說，國外的疫苗到貨總是不可控，雖然高端疫苗量能未知，但至少可以控制；另外，莫德納疫苗與高端疫苗雖然不同平台，前者為mRNA疫苗，後者為蛋白次單位疫苗，但mRNA疫苗打入體內，也得轉成蛋白質才能刺激免疫，而兩者刺激免疫反應的抗原一致。
莫德納第一劑已經讓身體有了記憶，但因莫德納疫苗打進體內的副作用與刺激都很強，第二劑若只是要喚醒免疫記憶，或許就可以採用同樣可以激起抗體，但反應不那麼激烈的疫苗，因此才想嘗試進行混打臨床研究。他在一個多月前開始寫計畫書，兩週前送IRB審核，昨日通過，第二步是提交指揮中心，第三步則需要告知莫德納公司同意，目前莫德納原廠已知，但未做回應。
謝思民表示，這次的受試對象只有220人，是小規模的臨床研究，國外的AZ+mRNA疫苗混打，也都是低於百人的小試驗，重點在於可提供政策建議，透過試驗發現如果可行，就能多一個接種的選項。長庚大學新興病毒感染研究中心主任施信如也補充，小型試驗若沒問題，開放混打基本上就沒問題，因為兩款都是通過EUA的疫苗，且混打全世界都在嘗試。
至於試驗結束後，怎麼樣叫成功？謝思民說，每一款疫苗的中和抗體效價有落差，但不代表較低的就沒有價值。這次試驗會採取免疫橋接的非劣性，了解莫德納＋高端的中和抗體效價，是否不低於兩劑莫德納的信賴區間，但這不是唯一指標，如果效價低一些，但安全性、不良事件比兩劑莫德納來得低很多，也很難定義為失敗的試驗。
■專家：學理上可行，且學術上有創新意義
施信如表示，莫德納混打高端，學理上是可行的，她認為混打計畫有3個用意，第一，莫德納目前全球需求量大，因此進貨量相對少很多，全世界都一樣，有時候兩劑無法打到同一廠牌，因此如果等不到二劑莫德納，第二劑施打高端，可以多少增強效果，都比只打一劑疫苗來的好。
第二，mRNA疫苗的第二劑對身體造成的負擔，一般來講很大，而第二劑接種高端，照理說會緩解副作用，不過當然確切狀況要做了試驗才知道。
第三，不管是AZ+mRNA疫苗，或是兩款mRNA疫苗混打，這些在國際上都陸續有研究，但AZ、mRNA+高端疫苗的混打則是全球獨有，大型醫院想做混打試驗，在學術上也有其創新性。施信如更一進步透露，除了台大準備進行莫德納＋高端混打試驗，長庚也已開始進行AZ＋高端的試驗。（文 / 陳潔 ；設計與資料整理 / 黃禹禛、戴淨妍 ；攝影 / 余志偉 ）
＃延伸閱讀
【當機組員及境外移入個案都與社區群聚無關，台灣「無差別邊境防疫」和「加零迷思」如何調整？】https://bit.ly/2YOu61u
【疫苗進行式：COVID-19全球疫苗接種即時追蹤】https://bit.ly/3kpkwcI
#報導者 #COVID19 #突破性感染 #本土案例 #疫苗 #AZ #莫德納 #BNT #高端 # #Delta ＃桃機 #清潔員
#20210915記者會 桃機清潔人員確診Delta
今天幼兒園群聚沒有新增個案。
1.今日新增1例本土個案，為20多歲女性，是桃園機場負責機艙內清消的人員，曾於六月初打過1劑AZ疫苗。
2.該女9月12日出現輕微流鼻涕、頭暈等症狀，9月14日因工作需求篩檢，於今日確診。衛生單位已匡列家庭及工作接觸者45人，均列居家隔離，餘匡列中。衛生單位將持續進行疫情調查及防治，以釐清感染源。
3.羅一鈞說，此案Ct值14，在9月7日因工作要求快篩曾陰性，理論上目前是要從有症狀前3天框，但因為是Delta所以就從9月8日視為可傳染期，也從9月8日匡列相關接觸者，個案先前打過1劑AZ疫苗，不算突破性感染；目前透過快速檢驗，確定病毒株也是Delta，這名個案會到航空器客艙進行清潔工作，會比對航班以了解可能與哪些境外移入有關，其基因定序結果則將於後天出爐。
4.本土個案病毒基因定序為delta株至此已累計36例，其中13例為6月屏東群聚相關、1例為9月國籍航空機師群聚相關、21例為9月新北幼兒園及社區群聚相關，1例為今天公布桃園機場航班清潔人員案例。
04b解讀：
1.已經講了幾個月，這些在前線高風險的人應該要給他們最好的盔甲，保護他們就是保護我們大家。只打一劑對於Delta可以防重症，但防感染效果只有三成。這些人AZ第二劑別拖到10~12週了！為何此案到現在還不能打到他的第二劑疫苗？為何還沒有打好打滿？
2.第三類高風險接觸人員，第二劑覆蓋率只有68%，該打屁股！我覺得責任不在她個人，這是單位和主管機關要主動關切和解決的問題，不論她是什麼理由拖這麼久沒打到。
3.不管是AZAZ，莫德納莫德納，AZ混莫德納，AZ混BNT，莫德納混BNT，趕快讓這些接觸Delta前線的人員打好打滿吧，我求你們了！
晚上有話好說，和黃瑽寧醫師同台喔！
料敵從寬，正面以對，阻斷可能傳染鏈！更要因應目前案14734基因定序持續比對中，縣府團隊已做最壞的打算與最好的準備。
重點整理：
1. 枋寮醫院全面強化防疫，擴大匡列至集中檢疫所採檢並隔離，醫院今天也暫停門急診一天，全面進行消毒。
2. 枋寮社區篩檢站截至中午採檢348人，PCR結果正在檢驗中，將持續進行到7/1。
3. 楓港、加祿兩處社區篩檢站，從6/24到昨天為止，兩站共採檢1,717人，PCR檢測都是陰性。今天上午兩站採檢720人，PCR結果正在檢驗中。
4. 針對市場專案屏東擴大批發市場採檢，四處篩檢站，共有1,154人採檢，結果皆為陰性。
因應印度Delta變種病毒造成群聚感染，縣府團隊持續針對所有可能的疫情發展，全面加強各項防疫作為，嚴守防疫，請大家一起做到！
定序結果 基因型的偵測為育種時重要的應用技術之一。本文嘗試以低深度定序(Low ... 支持長讀長序列的分析，但其通常會在比對過程中推斷出許多小間隙並遺漏大的indels。 ... <看更多>
定序結果比對 在 Re: [求救] PCR結果定序出來的序列不是我要的!! - 看板Biotech 的推薦與評價
首先要問你pcr產物多長
跟你預設的結果長度相同嗎? 不同也不用玩了
通常>500bp以上，會建議送2端去定序 (因為一般極限為7-800bp)
forward primer 訂序結果直接用
reverse primer 定序結果要先reverse & complement
通常中間會有重複的 可以合併起來
如果長度適當 forward primer的結果會看到 reverse primer 的序列
reverse primer定序結果會看到 forward primer 的序列
互相比對一下就可以得到全長了
ps 如果產物很長 可以在中間加一primer去訂序
通常都是接到vector上後再用vector上已知的primer去定序，
這樣才能看到pcr用的primer序列。
假如這樣你都比不出來 我只能說
你真的pcr到路人甲了，primer特異性不夠。
※ 引述《mini188 (迷你邀霸罷)》之銘言：
各位好
我之前PCR跑出一段序列後 送去定序
我將原來primer和定序結果blast 但是沒有相似的地方
於是我將序列reverse 也不行
我又將序列 reverse & complement 也不行
用了forward 和 reverse的 primer 都沒對到
定序的PEAK很漂亮沒問題
那請問各位 為啥之前我的PCR可以做出很shape的band?
annealing temp 是60度 應該不至於會有non-specific的問題吧?
不知道是定序方面出問題還是我的PCR出問題
但若是PCR有問題 那之前跑出的band是什麼東東??
不知道大家有什麼想法?? 謝謝!
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